Doktorské studium

• Základní údaje
• Cíle studijního programu
• Podmínky pro přijetí ke studiu a jeho průběh
• Základní popis užívaného způsobu hodnocení
• Podmínky, jež je nutné splnit v průběhu studia a při jeho ukončení
• Oborová rada, členové oborové rady
• Témata doktorských prací z botaniky pro nový školní rok 2012/2013

Základní údaje (obsah)

Pracoviště (katedra)

Katedra botaniky tel.: 585 634 800
e-mail: lebeda@prfholnt.upol.cz

Ostatní školící pracoviště:

• Botanický ústav AV ČR, Průhonice u Prahy
• Biofyzikální ústav AV ČR, Brno
• Ústav experimentální botaniky AV ČR, Olomouc

Studijní program 1501 V Biologie, studijní obor Botanika

• Typ studijního programu: doktorský
• Forma studia: prezenční, kombinovaná
• Standardní doba studia (v letech): 3 (prezenční), 5 (kombinovaná)

Informace  o zahraničním studiu botaniky a pobytech na univerzitách v zahraničí pro doktorandy, popř. diplomanty botanicky zaměřené

Cíle studijního programu (obsah)

Cílem studia doktorského studijního programu (dále jen DSP) "Botanika" je výchova absolventů přírodovědně, biologicky a zemědělsky orientovaných fakult vysokých škol k samostatné vědecké tvůrčí práci ve vědních oborech interdisciplinárně pokrývajících v širším slova smyslu rostlinné vědy, tzv. "Plant Sciences". Koncepce tohoto studia na PřF UP v Olomouci se postupně vyvíjela z klasického pojetí botaniky, tedy zejména obecné botaniky, floristiky, systematiky rostlin a nauky o společenstvech rostlin (fytocenologie). Tato skutečnost byla dána původními možnostmi personálního a experimentálního zázemí PřF UP a garantující katedry botaniky. Vzhledem k tomu, že po roce 1994 nastaly zásadní kvalitativní a kvantitativní pozitivní změny v možnostech dalšího rozvoje botaniky na PřF UP, postupně byl i doktorský studijní program přizpůsobován těmto podmínkám. V současném pojetí DSP je botanika chápána sensu lato jako nauka o rostlinách (Plant Sciences), tzn. studium, resp. výzkum rostlin na všech úrovních biologické hierarchie. Na tomto myšlenkovém základě začalo být od roku 1995 rozvíjeno doktorandské studium botaniky na PřF UP (se souhlasem oborové rady a vedení fakulty) se snahou o maximální propojení a integraci dílčích botanických disciplín, a to jak z hlediska orientace, tak i metodického. Hlavní snahou této koncepce bylo vymanit botaniku sensu stricto z určitého "izolacionismu" dílčích botanických disciplín.

Současné studium je v širším pojetí zaměřeno na několik základních tematických oblastí, resp. disciplín. Tato orientace je dána zejména personálním obsazením a experimentálním zázemím garantujícího pracoviště a spolupracujících institucí. Jedná se zejména o následující disciplíny: morfologie a anatomie rostlin, systematická botanika a fytogeografie, fytocenologie a ekologie rostlin, konzervační biologie rostlin, algologie, fytopatologie a mykologie, fyziologie a biochemie rostlin, tkáňové kultury rostlin a rostlinné biotechnologie, cytologie a cytotaxonomie rostlin, proteomika a genomika rostlin. Cílem takto zaměřeného studia je snaha o hlubší pochopení funkce rostlin na různých úrovních biologické organizace a integrace těchto poznatků. Z hlediska metodického se jedná o aplikaci klasických přístupů, ale i nejmodernějších metod v oblasti anatomie, cytologie, fyziologie a biochemie rostlin, včetně metod využívaných v rostlinných biotechnologiích, při studiu struktury a funkce rostlinného genomu. Předmětem studia i metodickými přístupy zasahuje takto koncipovaný DSP do většiny vědních oblastí obecné biologie rostlin a částečně i biomedicíny, ale má výrazný vliv i na aplikační sféru v ekologii a ochraně přírody, zemědělství a lesnictví, rostlinolékařství, uchovávání genových zdrojů, biotechnologiích, částečně i v lékařství a farmacii.

Takto koncipovaný program lze realizovat především díky velmi dobrému materiálnímu, technickému a experimentálnímu zázemí biologických oborů PřF UP a jejich lokalizaci v areálu v Olomouci-Holici. Nedílnou součástí této koncepce je spolupráce a využívání zařízení a zkušeností i dalších vědeckých institucí jako je např. Botanický ústav AV ČR, Biofyzikální ústav AV ČR, Ústav experimentální botaniky AV ČR, Výzkumný ústav rostlinné výroby a řady dalších. Mnozí specialisté těchto ústavů působí jako školitelé, konzultanti nebo členové oborové rady DSP na PřF UP.

Doktorský studijní program botaniky na PřF UP v Olomouci vychází ze zákona č. 111/1998 Sb. o vysokých školách, dále pak: a) Organizačního, studijního a zkušebního řádu doktorského studijního programu PřF UP v Olomouci a b) Směrnice děkana PřF UP v Olomouci k organizaci studia v doktorských studijních programech.

Podmínky pro přijetí ke studiu a jeho průběh (obsah)

Podmínky pro přijetí ke studiu DSP botaniky vycházejí z výše uvedených zákonných norem a směrnic. Následující požadavky jsou považovány jako základní a nezbytné pro přijetí.

Typ požadavku:

• vyplněná přihláška
• životopis
• ověřené doklady o dosaženém vzdělání a doklady o odborné praxi
• seznam publikovaných prací a jiné doklady o vědecké činnosti
• žádost o udělení stipendia, pokud ho uchazeč požaduje
• případně potvrzení o státní jazykové zkoušce

Forma požadavku:

Přijímací pohovor, který má prokázat odborné znalosti a předpoklady pro samostatnou vědeckou práci v oboru a znalost jednoho světového jazyka.

Průběh DSP se řídíe individuálním studijním a vědeckým programem, který po dohodě se studentem sestavuje školitel.

Studijní program zahrnuje:

• 3-5 odborných předmětů studia, z nichž student skládá zkoušky
• zkouška ze světového jazyka
• vědecký program, studijní pobyty, zpracování disertace

Základní popis užívaného způsobu hodnocení (obsah)

• Úspěšné absolvování přijímacího pohovoru.
• Schválení individuálního studijního plánu oborovou radou (viz. bod 2.3.).
• Průběžná kontrola studijního plánu školitelem a oborovou radou (jednou za rok).
• Hodnocení jazykových znalostí formou zkoušky nebo cizojazyčné přednášky (na základě vnitřní směrnice PřF UP).
• Hodnocení znalostí v odborných studijních předmětech stanovených studijním programem.
• Státní doktorská zkouška. Cílem zkoušky je zhodnotit obecný rozhled studenta v příslušném vědním oboru, schopnost postihnout podstatu problému a navrhovat vlastní způsoby řešení.
• Zpracování a obhajoba disertační práce. Disertaci lze předložit jako samostatnou práci nebo jako soubor publikovaných a k publikaci připravených prací. Práce může být v jazyce českém, slovenském nebo anglickém.

Disertace musí vždy obsahovat:

• současný stav poznatků o tématu disertace s přehledem literárních zdrojů
• cíl disertační práce
• postupy a metody řešení
• vlastní vědecké výsledky

Disertační práce se předkládá předsedovi oborové rady. Před konáním vlastní obhajoby děkanát fakulty rozešle na příbuzná VŠ a vědecká pracoviště autoreferát disertace.

Podmínky, jež je nutné splnit v průběhu studia a při jeho ukončení (obsah)

Základní povinností studenta DSP je osvojit si metody vědecké práce v takovém rozsahu, aby byl po ukončení studia schopen samostatné vědecké práce, prezentace výsledků na odborných seminářích a konferencích, publikaci výsledků v recenzovaných vědeckých časopisech.

V průběhu studia musí student absolvovat:

• zkoušky z předmětů uvedených ve studijním programu a doporučené výukové kurzy
• úvodní a závěrečnou přednášku v rámci seminářů DSP
• alespoň jednu cizojazyčnou odbornou přednášku
• složit zkoušku z angličtiny (může ji nahradit přednáška hodnocená "prospěl výborně", hodnotí tříčlenná jazyková a odborná komise)
• aktivně se zúčastnit alespoň jedné vědecké konference
• složit státní doktorskou zkoušku
• předložit minimálně dvě vědecké práce, přijaté k publikaci, alespoň u jedné z těchto publikací musí být doktorand hlavním autorem a nejméně jedna z publikací musí být uveřejněna v časopise s nenulovým IF (pokud takový v dané vědní oblasti vychází)
• úspěšně obhájit doktorskou disertační práci

Přijímací řízení jak na tříletý prezenční i pětiletý kombinovaný studijní program v jednotlivých oborech vypisuje vždy Děkanát Přírodovědecké fakulty Univerzity Palackého v Olomouci.

Přihlášky jsou k dispozici na studijním oddělení Děkanátu Přírodovědecké fakulty UP na Tř. Svobody 26. Datum odevzdání je nejpozději do 31.5.2002 na níže uvedenou adresu.

K přihlášce je nutné přiložit:

• ověřený opis diplomu
• životopis

Oborová rada, členové oborové rady (obsah)

Garant studijního oboru

Prof.Ing. Aleš Lebeda, DrSc., Katedra botaniky PřF UP

Složení oborové rady a pracoviště jejích členů

• prof. Ing. Aleš Lebeda, DrSc. – Katedra botaniky PřF UP – předseda
• prof. RNDr. Milan Navrátil, CSc. – Katedra buněčné biologie PřF UP
• prof. RNDr. Aloisie Poulíčková, CSc. – Katedra botaniky PřF UP
• prof. Ing. Miroslav Strnad, DSc. – Laboratoř růstových regulátorů PřF UP/Ústav experimentální botaniky AV ČR
• doc. Ing. Jaroslav Doležel, DrSc. – Ústav experimentální botaniky AV ČR, Olomouc
• doc. RNDr. Lenka Luhová, CSc. – Katedra biochemie PřF UP
• prof. RNDr. Ladislav Havel, CSc. – Mendelova zemědělská a lesnická univerzita, Brno
• prof. Ing. Jan Koblížek, CSc. – Mendelova zemědělská a lesnická univerzita, Brno – čestný člen
• prof. Ing. Karel Veverka, DrSc. – Výzkumný ústav rostlinné výroby, Praha-Ruzyně – čestný člen
• prof. RNDr. Boris Vyskot, DrSc. – Biofyzikální ústav AV ČR, Brno
• doc. RNDr. Ladislav Hrouda, CSc. – Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Praha
• doc. RNDr. Milan Chytrý, PhD. – Masarykova Univerzita, Přírodovědecká fakulta, Brno
• doc. RNDr. František Krahulec, CSc. – Botanický ústav AV ČR, Průhonice

Témata doktorských prací z botaniky pro nový školní rok 2012/2013

• [+]  Studijní program P 1527 Biologie, obor Botanika (1507V004)

  • +  Fenotypová variabilita planě rostoucích druhů rodu Lactuca (L. serriola. L. saligna, L. aculeata)

    Phenotypical variation or wild Lactuca species (L. serriola, L. saligna, L. aculeata)

    • Školitel: doc. Ing. Eva Křístková, Ph.D.
    • Kontakt: 585 634 818; eva.kristkova@upol.cz

    Phenotypical variation of wild Lactuca species (L. serriola, L. saligna, L. aculeata) will be studied on the level of the phenotypical expression of morphological traits of plants, and of their phenological characteristics. Observations and assessments will be performed either in areas of the natural distribution of L. serriola, L. saligna and L. aculeata in Europe and Near East, either during the cultivation of plants in the greenhouse. The main aim of this study will be to describe and explain the phenotypical variation of L. serriola, L. saligna and L. aculeata within and between populations in relation to the eco-geographical characteristics of original locations of plant samples.

  • +  Dediferenciační procesy rostlinných buněk v protoplastových kulturách

    Dedifferential processes of plant cells in protoplast cultures

    • Školitel: doc. RNDr. Vladan Ondřej, Ph.D.
    • Kontakt: 585 634 825; vladan.ondrej@upol.cz
    • Projekt: IGA Katedry botaniky

    The aim of the Ph.D. study will be determined and analyzed epigenetic changes, changes in nuclear organization, stresses and transcriptional activity of selected genes. A stay will be organized in INRA Dijon at biotechnological department of Dr. S. Ochatt.

  • +  Biologie a fylogenetika rozsivek

    Biology and phylogeny of diatoms

    • Školitel: prof. RNDr. Aloisie Poulíčková, CSc.
    • Kontakt: 585 634 812; aloisie.poulickovapol.cz
    • Projekt: IGA Katedry botaniky

    Vypsané téma počítá se studiem rozsivek ve smyslu komplexního přístupu, tedy ne jen počítání mrtvých frustul, ale izolace klonů z přírody, kultivace, cytologie, studium rozmnožování a využití molekulárních metod pro řešení problematiky druhových komplexů penátních rozsivek. Zahrnuje jak práci v terénu, tak laboratoři taxonomické i molekulární. Znalosti a zkušenosti z klasické diatomologie získané při zpracovávání diplomové práce (identifikace frustul) vítány. Téma je pouze prezenční, nelze ho řešit v rámci kombinovaného studia. Možnost stáže na špičkovém pracovišti v Edinburghu, Bruselu nebo Ghentu.

  • +  Mapování a studium genu kvetení u pšenice seté (Triticum aestivum)

    Fine mapping and gene analysis of the flowering time gene in wheat

    • Školitel: RNDr. Jan Šafář, Ph.D., ÚEB AVČR;
    • Kontakt: Tel.: 585 205 880; e-mail: safar@ueb.cas.cz
    • Projekt: GAČR P501/10/1778

    The project (GAČR P501/10/1178) focuses on the study of wheat flowering time gene. The aim of the project is preparation of fine genetic map for map-based cloning of the gene influencing heading time in wheat. Student will be responsible for genotyping and phenotyping of mapping population, enlargement of the population, development of new markers and selection of candidate genes for functional validation. Stay at JIC (John Innes Centre, Great Britain) is pre-arranged with one of the best specialist in the field (prof. J.W. Snape).

  • +  Studium tkáňově specifické exprese u hexaploidní pšenice

    Study of tissue-specific expression in hexaploid wheat

    • Školitel: Jan Bartoš, Ph.D., ÚEB AVČR;
    • Kontakt: Tel.: 585 205 881; e-mail: bartos@ueb.cas.cz
    • Projekt: GAČR P501/12/G090

    The project (GAČR P501/12/G090) is focused on the study of evolution and function of complex plant genomes. The aim of the Ph.D. study is to understand interactions of homoeologous genomes in different cell types and their changes during plat development. Ph.D. Student will identify tissue-specific promoters and prepare constructs for GFP under their control. Promoter activity will be confirmed using fluorescent microscopy after transformation. Tissue-specific cell will be then sorted after protoplast isolation based on fluorescence of GFP. RNA-Seq will be used to follow the expression of individual transcripts. Stay at University of Arizona (Tucson, USA) is pre-arranged with one of the best specialist in the field (Dr. David W. Galbraith).

  • +  Analýza diversity a evoluce satelitní DNA u zástuců rodů Festuca a Lolium a jejich mezidruhových hybridů

    Analysis of diversity and evolution of satellite DNA in Festuca sp. and Lolium spp. and in their interspecific hybrids

    • Školitel: Eva Hřibová, Ph.D., ÚEB AVČR;
    • Kontakt: Tel.: 585 205 854; e-mail: hribova@ueb.cas.cz
    • Projekt: GAČR P501/12/G090

    A recent study on nuclear genome structure of Festuca spp. revealed a presence of different types of satellite DNA sequences, including sequences with 1 – 2 kb long repetitive units. The aim of the Ph.D. study will be to further enhance the knowledge of the role and evolution of satellite DNA sequences in nuclear genomes of grass species and their interspecific hybrids. Ph.D. student will identify specific types of satellite DNA sequences in the genomes and their individual chromosomes respectively, using the Illumina sequencing. In parallel, genomic organization of the satellite repeats will be determined using fluorescence in situ hybridization (FISH) on metaphase chromosomes and interphase nuclei. A stay at the University of California (Riverside, USA) has been pre-arranged with Prof. Adam Lukaszewski.

  • +  Modelování 3D struktury jádra mezidruhových hybridů

    Modelling of nuclei 3D structure in wide hybrids

    • Školitel: David Kopecký, Ph.D., ÚEB AVČR;
    • Kontakt: Tel.: 585205857; e-mail: kopecky@ueb.cas.cz
    • Projekt: GAČR P501/11/0504

    The project (GAČR P501/11/0504) is focused on the study of gene and genome interactions in grass hybrids (Festuca × Lolium). The aim of the project is to understand the changes in genome composition and gene expression appearing in the F1 and successive generations of intergeneric hybrids. Ph.D. student will adopt 3D-FISH protocol and confocal microscopy for initial data set mining. The student will be responsible for the development of bioinformatic tools for reconstructing and modelling of parental chromatin domains assortment. Stay at Cornell University (NY, USA) is pre-arranged with one of the best specialist in the field (Dr. Wojtek Pawlowski).

  • +  Izolace, identifikace a biologická aktivita rostlinných sekundárních metabolitů

    Isolation, identification and biological activity of plant secondary metabolites

    • Školitel: Mgr. Jiří Grúz, Ph.D.
    • Kontakt: Tel.: 585634858; e-mail: jiri.gruz@upol.cz

    The work will be focused on the isolation, identification and characterization of plant secondary metabolites. Particular focus will be paid to redox active compunds and products of their oxidative degradation. The PhD student will study plant secondary metabolites using various bioassays and cutting-edge technical equipment including tandem and Q-TOF mass spectrometers.

  • +  Protinádorová aktivita rostlinných hormonů cytokininů

    Anticancer activity of plant hormones cytokinins

    • Školitel: Prof. Ing. Miroslav Strnad, DSc., LRR PřF UP & ÚEB AV ČR
    • Konzultant: Mgr. et Mgr. Jiří Voller, Ph.D., LRR PřF UP & ÚEB AV ČR
    • Kontakt: Tel.: 585634850; e-mail: strnad@prfholnt.upol.cz

    Cytokinin ribosides exert their high anticancer activity through interference with various cell functions (energy metabolism, macromolecule synthesis, kinase signalling, etc.). The study should further characterize their molecular mechanism of action and help to elucidate which structural features of these candidate drugs are responsible for inhibition of the individual cell processes.

  • +  Cytoprotektivní aktivita rostlinných hormonů cytokininů

    Cytoprotective activity of plant hormones cytokinins

    • Školitel: Prof. Ing. Miroslav Strnad, DSc., LRR PřF UP & ÚEB AV ČR
    • Konzultant: Mgr. et Mgr. Jiří Voller, Ph.D., LRR PřF UP & ÚEB AV ČR
    • Kontakt: Tel.: 585634850; e-mail: strnad@prfholnt.upol.cz

    Cytokinins were shown to protect cells against various forms of stress and delay their aging in vitro. The aim of the study is a further characterization of beneficial effects of cytokinins and identification of responsible pathways.

  • +  Nové přístupy k analýze fytohormonů v rostlinách

    New approaches of phytohormone analysis in plants

    • Školitel: Mgr. Ondřej Novák, Ph.D., LRR PřF UP & ÚEB AV ČR
    • Konzultant: Mgr. Danuše Tarkowská, Ph.D., LRR PřF UP & ÚEB AV ČR
    • Kontakt: Tel.: 585634853; e-mail: ondrej.novak@upol.cz

    The application of new analytical approaches based on fast chromatographic separation and mass spectromery makes possible a new direction in plant hormone research. This project will aim at a better understanding of phytohormone metabolic networks using a hormone (metabolite) profiling as a new technology for fast sensitive quantitative and qualitative analyses in different plant extracts.

  • +  Heterocyklické deriváty přírodních látek s antisenescenční aktivitou

    Heterocyclic derivatives of natural products with antisenescent activity

    • Školitel: Mgr. Lucie Szüčová, Ph.D., LRR PřF UP & ÚEB AV ČR
    • Konzultant: Mgr. Karel Doležal, Dr., LRR PřF UP & ÚEB AV ČR
    • Kontakt: Tel.: 585634940; e-mail: lucie.szucova@upol.cz

  • +  Genetické a molekulární epidemiologie fytoplazem

    Genetic and molecular aspects of phytoplasma epidemiology

    • Školitel: Doc. RNDr. Milan Navrátil, CSc.
    • Odborný konzultant: Dr. Xavier Foissac (INRA Bordeaux)
    • Kontakt: Tel.: 585634900; e-mail: milan.navratil@upol.cz
    • Projekt: MŠMT, OC10034, 2010-2012; COST FA0807, 2010-2013

    The project is focused on the investigation of genetic diversity of phytoplasmal populations and isolates (e.g. Candidatus Phytoplasma prunorum, stolbur phytoplasma) and their correlation with host range, spatial and temporal spreading and vector transmission. Partial genome analysis will be used for diversity and microevolution studies. Determination of epidemiological factors is expected.

  • +  Genetická a molekulární determinace interakce rostlina/virus.

    Genetic and molecular determination of plant/virus interaction.

    • Školitel: Doc. RNDr. Milan Navrátil, CSc.
    • Kontakt: Tel.: 585634900; e-mail: milan.navratil@upol.cz
    • Projekt: NAZV QI91A229, 2009-2013; COST FA0806, 2010-2013

    The work will be focused on study of selected genes (etc. eIF4E) in plant/Potyvirus interaction and functional and genetic validation of their potential role. The expression patterns of some these genes will be also studied in susceptible and/or resistant genotypes. The focus will be aimed on the study of pea/PSbMV or PEMV pathosystems.

• [+]  Studijní programu 1501 V Biologie, obor Botanika

  • +  Antioxidační úloha fenylpropanoidů v rostlinách

    The antioxidative role of phenylpropanoids in plants

    • Školitel: Mgr. Jiří Grúz, Ph.D.
    • Kontakt: Tel.: 585634858; e-mail: jiri.gruz@gmail.com

    The work will be focused on the determination of phenylpropanoids, the evaluation of their antioxidative effects in vivo and their oxidative degradation in plants. The pal and ref3 mutants of Arabidopsis thaliana will be used to study the physiological effects of reduced phenylpropanoids. The PhD student will investigate the fundamental role of phenylpropanoid antioxidants using phenotypic analysis, various bioassays, and cutting-edge technical equipment including tandem and Q-TOF mass spectrometers.